Открытый доступ Открытый доступ  Закрытый доступ Доступ платный или только для подписчиков

Поиск селективных ингибиторов пуриннуклеозидфосфорилазы из Escherichia coli методом виртуального скрининга

Юлия Борисовна Манджиева, Дмитрий Дмитриевич Сидоров-Бирюков, Давид Дмитриевич Подшивалов, Мария Андреевна Костромина, Владимир Игоревич Тимофеев, Инна Петровна Куранова, Роман Станиславович Есипов

Аннотация


Пуриннуклеозидфосфорилазы (ПНФ), катализирующие обратимую реакцию фосфоролиза нуклеозидов, играют важную роль в метаболизме нуклеотидов и необходимы для нормального функционирования клетки. ПНФ E. coli относится к бактериальным гексамерным ПНФ и имеет высокую степень гомологии с ПНФ ряда паразитических организмов, в которых отсутствует синтез пуринов de novo и которые получают пуриновые основания по запасному пути синтеза нуклеозидов, поэтому E. coli ПНФ является удобной моделью для поиска ингибиторов ПНФ — потенциальных антипаразитических препаратов. С использованием координат E. coli ПНФ, установленных при разрешении 0,99 Е, методом виртуального скрининга проведен поиск потенциальных ингибиторов фермента. При использовании метода молекулярной динамики показано, что 4 найденных соединения прочно связываются в активном центре E. coli ПНФ и могут служить соединениями-лидерами для разработки антибактериальных лекарственных средств.

Ключевые слова


пуриннуклеозидфосфорилаза, ингибиторы, виртуальный скрининг

Ссылки


Isaksen G. V. / Biochemistry. 2016. V. 55. № 14. P. 2153 – 2162.

Ealick S. E., Babu Y. S., Bugg C. E., Erion M. D., Guida W. C., Montgomery J. A., Secrist J. A. 3rd. / Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 11540 – 11544.

Погосян Л. Г., Акопян Ж. И. / Биомед. химия. 2013. Т. 59. № 5. C.483 – 497.

Shi W., Ting L. M., Kicska G. A., Lewandowicz A., Tyler P. C., Evans G. B., Furneaux R. H., Kim K., Almo S. C., Schramm V. L. / J. Biol. Chem. 2004. V. 279. P. 18103 – 18106.

Bae W. K., Lee Y. K., Cho M. S., Ma S. K., Kim S. W., Kim N. H., Choi K. C. / Yonsei Med. J. 2006. V. 47. P. 437 – 439.

Kiss R., Sandor M., Szalai F. A. / J. Cheminform. 2012. V. 4. P. 17.

Trott O., Olson A. J. / J. Comp. Chem. 2010. V. 31. P. 455 – 461.

Lipinski C. A. / Drug Discov. Today: Technol. 2004. V. 1. № 4. P. 337 – 341.

Van Der Spoel D., Lindahl E., Hess B., Groenhof G., Mark A. E., Berendsen H. J. / J. Comp. Chem. 2005. V. 26. P. 1701 – 1718.

Scott W. R. P., Hunenberger P. H., Tironi I. G., Mark A. E., Billeter S. R., Fennen J., Torda A. E., Huber T., Kruger P., Van Gunsteren W. F. / J. Phys. Chem. A. 1999. V. 103. P. 3596 – 3607.

Schuttelkopf A. W., Van Aalten D. M. F. / Acta Cryst. 2004. V. 60. № 8. P. 1355 – 1363.

URL: http://ckp.nrcki.ru.

Mao C., Cook W. J., Zhou M., Koszalka G. W., Krenitsky T. A., Ealick S. E. / Structure. 1997. V. 5. P. 1373 – 1383.

Bzowska A. Kulikowska E., Shugar D. / Pharmacol. Ther. 2000. V. 88. P. 349 – 425.

Chaikuad A., Brady R. L. / BMC Struct. Biol. 2009. V. 9.

Humphrey W., Dalke A., Schulten K. / J. Mol. Graph. 1996. V. 14. P. 33 – 38.

Wallace A. C., Laskowski R. A., Thornton J. M. / Protein Eng. 1996. V. 8. P. 127 – 134.


Полный текст: PDF

Ссылки

  • Ссылки не определены.


** ** ** ** ** **

ISSN: 2073-8099

** ** ** ** ** **

Подписаться на наши издания Вы можете через почтовые каталоги Объединенный каталог «Пресса России» «Урал Пресс», «Ивис», «Прессинформ» и «Профиздат».

 

Наши партнеры:

iIPhEB - Международная выставка и форум по фармацевтике и биотехнологиям, 2–4 апреля 2024

Семинар R&D для R&D, 12–13 апреля 2024